Два примечания: во-первых, ксеноморфы Девида в принципе не могут быть "идеальными организмами". Девид сломан, у него даже память работает не совсем так как нужно(поэтов путает). Он озабочен тем, что останется после него, потому что и сам где-то понимает, что даже он не вечен. Отсюда был и интерес к Уолтеру, потому что, Девид мог использовать его в качестве набора для запчастей/перенести сознание. Как и Питер Уэйланд его создание внезапно стремится продлить себе жизнь.
Во-вторых, все больше склоняюсь к тому, что у Инженеров тоже были свои нации/расы. Ребята из пролога Прометея и флэшбека в сабже - не те же козлы из третьего акта Прометея. Тут даже не дело в росте (трупы в Завете явно почти с человека ростом), но даже в подходе к черной жиже. Инженеры в плащах использовали патоген для сотворния жизни на других планетах. Инженеры-жокеи (здоровенные, в био-броне) использовали патоген только для военных целей. Собственно, можно представить, что они вкалывали себе сильно разбавленный патоген что бы отрастить такие био-костюмы и вообще стать сильнее. И то что они хотели истребить людей в теорию очень неплохо укладывается: мол, насрем-ка вам в кашу, истребим всех ваших подопечных.