Я не аблокат дьявола, но вполне возможно, что Скайнет сделал моргание у терминатора для защиты от газов при выстреле.
Оффтоп:
У терминатора. Моргание. Защита от газов. От огнестрельного оружия 45-летней давности. Оууууууукей
Органика у него самая обычная, человеческая. Ухудшение зрения от того, что повреждена органическая оболочка глаза - кому это надо? Бегать потом, искать место, где можно все это вырезать. Поэтому научить терминатора моргать, когда рядом что-то взрывается или разбивается - это хорошая стратегия для Скайнета.